La Maestría en Sostenibilidad para el Desarrollo Regional (MSDR) es un posgrado multidisciplinario de orientación profesionalizante que se cursa en cuatro semestres. Está diseñado bajo el esquema escolarizado, con práctica docente en el aula, en laboratorios, prácticas de vinculación con la comunidad, entre otras actividades. El contenido del plan de estudios se desarrolla por unidades temáticas de trabajo académico y subtemas, de modo que el programa de cada unidad de aprendizaje es una guía que orienta el proceso de enseñanza y aprendizaje en cada opción terminal, conforme a las competencias genéricas y específicas que constituyen el perfil del egresado. El programa ofrece dos líneas de especialización: 1) Restauración ambiental, y 2) Gestión para el desarrollo.
En Julio del año 2022 la MSDR se integró al Sistema Nacional de Posgrados, lo cual, entre otras cosas, otorga al estudiante la posibilidad de optar por una beca de CONAHCYT, una vez que hayan sido aceptados y realizado los trámites correspondientes.