El proceso formativo del doctorado se basa principalmente en el desarrollo de la investigación comunitaria y experimental aplicada hacia la sostenibilidad de sistemas socioecológicos, hacia la transición energética y tecnológica, a fortalecer la interculturalidad y saberes tradicionales, hacia la gobernanza y Sostenibilidad Social. Al primer semestre se establece un plan de trabajo por parte del estudiante con visto bueno de su comité tutorial, que incluye las actividades académicas y de investigación para todo su proceso formativo; que incluye la realización de seminarios de titulación, escritura de tesis y elaboración de productos académicos.
El plan de trabajo se debe desarrollar en ocho semestres, cubriendo la totalidad de actividades académicas y de investigación establecidas en el plan de estudios. Durante el séptimo semestre el alumno deberá haber publicado o tener en estatus de aceptado o registrado su producto académico, y durante el octavo concluir la redacción de la tesis para su defensa ante el jurado asignado.
Los estudiantes deberán concluir su investigación de tesis y haber cubierto los requisitos establecidos en el plan de estudios, para obtener el grado de Doctor(a) en Ciencias para la Sostenibilidad e Interculturalidad durante el octavo semestre.